Parece probable que el topónimo de Cisneros provenga del latín vulgar “Cinisia” o cenizas y no de “cisne” aunque se haya repetido hasta la saciedad y así aparezca en su escudo heráldico municipal.
En la documentación de Sahagún del año 946 se citaba a la villa como “Cinisarios” y en el siglo XI el mismo vocablo o bien “Ciniseros” lo cual refuerza nuestra tesis en sentido de repoblación sobre viejas cenizas, tras la destrucción de la población por su incendio.
Ya había núcleo de población, según ha confirmado la arqueología, en la Edad de Bronce y la primera Edad del Hierro. A lo largo de la Edad Media era lugar de behetría, podía elegir Señor, pertenecía a la merindad de Carrión y uno de sus grandes Señores fue Juan Alfonso Girón.
Pasó a realengo, dependiendo por tanto del rey, en el S. XVI y bajo el que permaneció hasta mediados del siglo XVIII.
Se ha venido asegurando que el archifamoso Cardenal Cisneros, Juan Francisco Jiménez de Cisneros, nació en esta villa terracampina en 1436, ostentando el poder hasta que llegó el Emperador Carlos I a España. Fue confesor de Isabel I la Católica, arzobispo de Toledo, impulsor en 1500 de la construcción de la Universidad de Alcalá de Henares que editaría la Biblia Políglota, por dos veces fue regente de Castilla, Cardenal e Inquisidor, a él se deben los magníficos artesonados de la iglesia de San Facundo y San Primitivo, fue creador de Pósito de la villa, etc. Sí residió en Cisneros su abuelo Toribio Jiménez, Cisneros en realidad había nacido en el pueblo madrileño de Torrelaguna.
Dispone la villa de cuatro templos: La iglesia parroquial de S. Facundo y S. Primitivo, monumento artístico desde 1945, debe su fábrica al siglo XVI, destacando en ella sus artesonados mudéjares del S. XVI de Juan Carpeil y sobre manera el del Presbiterio y el de la Capilla de la Virgen del Castillo.
En la nave del Evangelio sobresale, en un retablo rococó, una escultura de San José y el Niño, y en el Presbiterio un relieve del Llanto sobre el Cristo muerto y seis Santas del siglo XVI y, desde luego, destacadísimas pinturas de ese mismo siglo. Notoria es también una escultura gótica de la Virgen del siglo XV en la nave de la Epístola.
La Sacristía conserva una Cruz relicario, gótica, donada por García de Cisneros en 1501.
La iglesia de San Pedro del siglo XVI está construida a base de piedra y ladrillo, actualmente convertida en museo, bajo cuyo pórtico se celebraban antiguos mercados, desapareciendo sus bellos artesonados tras la reforma del siglo XIX. Conserva un interesante retablo mayor renacentista de Francisco de Giralte, un sepulcro gótico del S. XIII con una bella escultura de Gonzalo Jiménez de Cisneros y un sepulcro del citado abuelo del Cardenal regente. Una destacada muestra de imaginería de entre los siglos XV al XVIII, orfebrería, cálices, crucifijos, etc.
Cerca del casco urbano se levanta la ermita del Cristo, del siglo XVI donde estuviera ubicado el sepulcro gótico de Jiménez de Cisneros.
Disponía la villa de cerca de 3.000 habitantes a finales del siglo XVI, de poco más de 2.000 a mediados del S. XIX, de 1.810 en 1900, de 1.636 en 1930, de 1.502 en 1960 y tan solo 530 en 2005.